O programa Museu-Escola está inserido no Projeto Museu vai à Escola desde 2007. A iniciativa propicia às crianças moradoras de comunidades mais distantes do Centro a possibilidade de conhecer o acervo e refletir acerca da história de Blumenau, contribuindo desta forma para o fortalecimento de sua identidade e cidadania. Mensalmente, juntamente com o Projeto Biblioteca Ambulante, o mediador do Museu da Família Colonial aborda temáticas referentes ao museu e à história da cidade.